漆黑的夜晚一名间谍悄然潜入日本警方某机构盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐最后逃亡者的车辆坠落悬崖第二天柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）该女子处于失忆状态身上的手机也破损无法使用柯南等人答应要帮她恢复记忆当他们七嘴八舌之际藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切在相处过程中女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑刚刚还一派祥和的水族馆沉浸在快乐之中的人们根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……