某日一群使用风遁之术的空忍空袭火之国无数民众和忍者遇害形势危急据纲手大人所言这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团如今他们怀着复仇之心再次出现卡卡西（井上和彦 配音）等人则负责侦查空之团的老巢鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）受命组成三人医疗小队协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者另一方面病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成他命佐助（杉山纪彰 配音）前去寻找神农这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 　　本片为《火影忍者》第五部剧场版动画