故事发生在日本的江户时代一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前他手握妖刀“红樱”要求试刀这个夜晚之后桂便下落不明桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音）委托他们寻找主人的下落同时银时（杉田智和）也受到委托寻找四处作恶的红樱的下落三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上由于远离警察的管辖范围飞艇里的恶势力一手遮天在那里银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子安武人 配音）高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户一面是穷凶极恶的恐怖分子一边是暴虐嗜血的妖刀红樱身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗 　　此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》其中在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手